Ingénieur-e biologiste en analyse de données - h/f

Description entreprise :

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Description du poste :

Pour ce contrat de travail d'une durée de 2 mois renouvelable , la personne recrutée rejoindra l’équipe « Oncogénèse des sarcomes » dirigée par Frédéric CHIBON.

L’équipe cherche à comprendre les mécanismes chromosomiques de l’oncogenèse des sarcomes pléomorphes, caractérisés par une très grande instabilité chromosomique.

Mission principale

La personne recrutée aura pour missions :

· D’analyser les données de variants structuraux identifiés par RNAseq sur les données du TCGA

· D’Evaluer la pertinence du marqueur biologique iTRAC pour l’analyse pronostique et prédictive de la réponse au traitement systémique dans les différents types de cancers analysés par le TCGA

Activités

principales

· Développer et appliquer des scripts R

· Développer et appaliquer des pipeline d’analyse sur le cluster decalcul du Genotoul

· Mettre à jour le GitHub de l’équipe.

Spécificité(s) et environnement du poste

· Travail sur écran

 

Profil recherché :

Connaissances

· Connaitre la biologie des sarcomes

· Connaitre les mécanismes chromosomiques de l’oncogenèse.

· Maitriser les statistiques adaptées à ce type d’analyse

· Maitriser le langage R

· Maitriser le calcule parallélisé sur cluster

Savoir-faire

· Mener de A à Z un projet d’analyse bioinfomatique

· Produire des figures de synthèse adaptées aux messages identifiés.

· Ecrire les articles scientifiques présentant les résultats obtenus.

Aptitudes

· Rigueur scientifique

· Esprit critique

· Esprit d’initiative

Expérience(s) souhaitée(s)

· Une expérience en ananlyse bioinformatique de données génomiques tumorales sera appréciée

Niveau de diplôme et formation(s)

· Bac + 5 Minimum

· Souhaité dans le domaine de l’oncogenèse