Ingénieur d'étude (H/F) : metabarcoding - développement multiplex et application matrice cérumen

Missions

Le candidat ou la candidate prendra part au projet EARSCAPE dont le but est d’identifier les pressions environnementales modelant la sensibilité auditive chez l'homme. Dans le cadre de ce poste, le candidat travaillera sur la caractérisation du microbiome de l'oreille, par analyse microbienne du cérumen.
Il/elle travaillera à l'optimisation d'un multiplex métabarcoding afin d’identifier la composante bactérienne, fongique et les traces de plantes présentent dans cette matrice. Pour cela, il/elle réalisera une partie expérimentale qui comprendra le développement et l’optimisation d'une PCR triplex, préparation de librairies, extraction des ADNs à partir du cérumen et analyse post-séquençage. Il/elle travaillera sur la plateforme de la B2M (Biologie moléculaire) du laboratoire.

Activités

- Extraction ADN à partir de cerumen et quantification ADN (Nanodrop et Qubit)
- Développement et optimisation d’une PCR triplex metabarcoding
- Préparation de librairies
- Quantification ADNs
- Analyse données metabarcoding
- Présentation des résultats lors des réunions hebdomadaires

Compétences

- Compétences en biologie moléculaire (extraction ADNs, PCR, optimisation)
- Compétences en barcoding, metabarcoding et/ou métagénomique (préparation librairies)
- Rédaction de protocole sur la base de bibliographie existante
- Sérieux et application
- Synthèse de résultats et présentation
- Travail en équipe, autonomie
- Maitrise des outils bio-informatiques pour l'analyse des données de séquençage (souhaitable)

Contexte de travail

Le CRBE Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’environnement, est une unité mixte de recherche (UMR5300) dont les thématiques scientifiques s’articulent autour de l’influence des changements environnementaux et de leurs interactions avec la terre vivante, et les rétroactions des systèmes socio-écologiques sur ces changements. Le/la candidat. e travaillera dans le cadre d’un projet ANR EARSCAPE sur l’évolution de la sensibilité auditive humaine en rapport avec l’environnement. Il/elle interagira avec le Dr Patricia Balaresque et le Dr Nicolas Brucato et le personnel de la plateforme technique de la B2M.

Contraintes et risques

⁃ Travail sur échantillons humaines (cérumen, potentiellement salive) : port de gant, blouse obligatoire

Informations complémentaires

Le ou la candidate devra être titulaire d'un master en génomique et/ou biologie évolutive (compétence en metabarcoding ou métagénomique indispensables)
La personne recrutée interagira et collaborera avec les personnes impliquées dans le projet (CRBE).

Le contrat est d'une durée de 6 mois et débutera idéalement en Septembre 2025
Les personnes intéressées déposeront leur candidature (CV et lettre de motivation) sur l'espace candidature du Portail Emploi du CNRS (