Chargé de recherche/ post-doctorant en épidémiologie et santé des élevages H/F

Description des missions

La personne recrutée aura pour mission de :

• mettre en œuvre et optimiser une stratégie d’échantillonnage, intégrant
  notamment des prélèvements environnementaux, adaptée à la détection
  précoce des agents pathogènes en pisciculture, et plus particulièrement
  des virus ;
• analyser les données métagénomiques ;
• comparer les méthodes de préparation des acides nucléiques et de
  séquençage dans le cadre de la détection métagénomique à haut débit ;
• participer à la définition d’une surveillance sensible, robuste et opérationnelle applicable aux élevages piscicoles.
• valoriser les résultats obtenus, notamment par la participation à la rédaction de publications scientifiques, la préparation de communications et la contribution aux rapports de recherche.

Profil recherché

La personne recrutée aura pour mission de :- mettre en œuvre et optimiser une stratégie d’échantillonnage, intégrantnotamment des prélèvements environnementaux, adaptée à la détectionprécoce des agents pathogènes en pisciculture, et plus particulièrementdes virus ;- analyser les données métagénomiques ;- comparer les méthodes de préparation des acides nucléiques et deséquençage dans le cadre de la détection métagénomique à haut débit ;- participer à la définition d’une surveillance sensible, robuste et opérationnelle applicable aux élevages piscicoles.- valoriser les résultats obtenus, notamment par la participation à la rédaction de publications scientifiques, la préparation de communications et la contribution aux rapports de recherche.L'Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse est un établissement publicd'enseignement supérieur et de recherche dépendant du ministère de l'Agricultureet de l'Alimentation. Créée en 1828, elle participe à la formation d'un quart desvétérinaires français, futurs cadres de haut niveau à profil scientifique, appelés àrelever les enjeux de santé et de bien-être animal, mais aussi et surtout les grandsdéfis de la santé publique actuels et futurs.En matière de formation, l'établissement assure la formation initiale de près de 900 étudiants et diplôme 180 étudiants par an. L'École dispense en outre des actions de formations post universitaires diplômantes ou non destinées aux vétérinairespraticiens. Missions à exercer :Participer au projet PRISM-E2 au sein de l’UMR 1225 en lien avec les cadresscientifiques de l’équipe VIRAL :• Participer à l’organisation et à la réalisation des campagnes d’échantillonnagesur les sites piscicoles ;• Comparer les performances de détection d’agents pathogènes modèles enfonction du type de matrice, de la date de prélèvement, de la stratégied’extraction et d’enrichissement des acides nucléiques des agents pathogèneset des techniques de séquençage haut-débit ;• Mettre en relation les résultats moléculaires obtenus avec les donnéeszoosanitaires et zootechniques des élevages ;• Participer à l’harmonisation des protocoles de prélèvement, d’analyse etd’interprétation en collaboration avec les partenaires PRISM-E2 ;• Participer à la valorisation des résultats (publications scientifiques,communication et contribution aux rapport de recherche) ;• Participer à la démarche qualité de l’équipe.Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet de recherche PRISM-E2 (PEPR Elevagesdurables), plus précisément dans le volet pisciculture. Le projet sera conduit en étroite collaboration entre l’équipe VIRAL de l’UMR 1225 IHAP et le laboratoire Anses de Plouzané.Ce projet vise à développer et optimiser des stratégies de surveillance précoce des agents pathogènes en pisciculture, en testant notamment l’intérêt des prélèvements environnementaux et de la détection métagénomique par rapport à des méthodes plus conventionnelles. La méthodologie sera développée en collaboration avec les autres partenaires de PRISM-E2 et notamment avec l’Ifremer, en charge de la partie conchyliculture.Ainsi, l’UMR 1225 IHAP recrute un chargé de recherche, ou une chargée de recherche, pour une durée de 12 mois afin de conduire ce projet.La personne candidate évoluera en interaction étroite avec les pisciculteurs et lescollaborateurs scientifiques.