Développement d’outils de surveillance multi-échelles de la diversité fongique dans les espaces forestiers en libre évolution

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Missions :

La personne recrutée sera mobilisée pour analyser des données déjà acquises, avec des marqueurs courts et des marqueurs longs, pour comparer le niveau taxonomique, ainsi que les outils d’assignations disponibles pour assurer le lien avec les bases de données sur l’écologie des taxons. L’assignation par placement phylogénétique des données sera testée à partir des fragments longs. Cette étape permettra d’évaluer si l’ADNe séquencés en marqueurs long est à la fois suffisamment conservé pour rester représentatif et informatif taxonomiquement.
Un autre volet du travail concernera le calcul de différentes métriques de diversité beta en analysant leur sensibilité à la quantification des MOTU (ou espèce) et le poids donné aux MOTUs (ou espèces) rares dans le jeu de données. L’objectif est de pouvoir identifier les processus écologiques à l'oeuvre dans les tendances constatées en termes d’évolution de la diversité globale et aux différentes échelles spatiales. Une analyse de sensibilité sera conduite pour évaluer l’influence, sur ces différentes métriques, de l’effort d’échantillonnage déployé à différentes échelles spatiales.
Enfin, la personne recrutée participera activement au développement du dispositif MétaMyco et oeuvrera à son déploiement à l’ONF, avec l’aide des membres du réseau mycologie de l’ONF.

Activités :

- Analyser les données
- Rédiger deux publications scientifiques sur la base des résultats obtenus
- Collaborer avec les différents partenaires du projet
- Participer à plusieurs mission de terrain pour des prélèvements de sol, d’abord en tant qu’opérateur, puis en tant que formateur.

Le projet se déroulera au sein de l’UMR DYNAFOR, avec un hébergement à l’Ecole d’Ingénieurs de PURPAN (Université de Toulouse). Le travail sera réalisé en étroite collaboration avec Mélanie ROY (UMR CRBE, Université de Toulouse) et Arnaud Giraudel (Office National des Forêts, réseau mycologique et recherche / développement). Un comité de suivi du projet, incluant d’autres experts mycologiques, est également prévu.

Formations et compétences recherchées

Doctorat/Ingénieur grandes écoles

Compétences et profil :
- Traitement bio-informatique de données issues de séquençage haut-débit
- Maitrise des concepts de base d’écologie des communautés
- Maitrise des analyses statistiques classiques de l’écologie des communautés et potentiellement des outils de phylogénie
- Capacité à interagir avec un public non-académique
- Maitrise du français

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr