Ingénieur-e biologiste en traitement de données (eq. sarry/brenet) - h/f

Description entreprise :

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap,dèsle recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail,reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Researchet s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Description du poste :

Au cœur de l’Oncopole de Toulouse, le CRCT, avec tous ses partenaires (institutionnels, universitaires, cliniques, industriels, caritatifs…), stimule l’innovation en termes de recherche et d’enseignement dans la lutte contre le cancer.
Le CRCT conduit une approche intégrée entre la recherche, les soins et l’enseignement,dans une logique transversale et multidisciplinaire. Il accueille 18 équipes de recherche très performantes et huit installations centrales regroupées au sein d'un centre technologique.

Notre équipe METAML étudie un cancer rare, les Leucémies Aiguës Myéloïdes(LAM). Malgré l’efficacité des chimiothérapies et l’arrivée de thérapies ciblées, les rechutes restent fréquentes et le pronostic vital des patients atteints, faible.

La personne recrutée aura pour mission d'analyser plusieurs jeux de données disponibles au sein de l'équipe dans un environnement dynamique et collaboratif. Elle aura l’opportunité de travailler sur des données riches et variées, en explorant notamment la transcriptomique (bulk et single-cellRNA-Seq) et en intégrant des données métabolomiques, lipidomiques et protéomiques. En s’appuyant sur des outils/logiciels bioinformatiques existants et en développant de nouvelles approches, si nécessaire, elle contribuera à faire avancer la compréhension des mécanismes de résistance aux traitements des leucémies aiguës myéloïdes(LAM).

Profil recherché :

Mission Principale :

• Développement de codes et analyses pour la transcriptomique bulk and single cell et l'intégration à d’autres données omiques, notamment de lipidomique, protéomique et métabolomique.
• Développement de codes d'apprentissage automatique/apprentissage profond afin d’identifier des signatures métaboliques de la rechute/résistance.
• Faciliter l'interaction entre le groupe et les autres bioinformaticiens du CRCT (Pôle Technologique, Equipe V Pancaldi), autres collaborateurs externes.
• Création d'interfaces web pour les outils bioinformatiqueset les codes produits par le groupe afin de les rendre accessibles à la communauté des chercheurs.

Connaissances :

• Logiciels de single cell analysis
• Github et le versioning
• Science des données et statistiques
• Système d'exploitation basé sur Unix
• Expérience avec R, python, shell scripting, et capacité à apprendre d'autres langages de programmation
• Développement de logicielsetde portails web
• Visualisation et analyse de réseaux
• Expérience dans des laboratoires de bioinformatique etavec des outils bioinformatiques

Savoir-Faire :

• Savoir synthétiser ses résultats de recherche sur un document PowerPoint et le présenter à ses collaborateurs
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats
• Excellentes aptitudes à la communication, orale et écrite, à l'organisation et à la gestionde projets

Aptitudes :

• Travailler de manière autonome tout en s’intégrant efficacement dans une équipe pluridisciplinaire
• Savoir prendre en compte les retours pour améliorer ses méthodes et ses résultats
• Soutenir les membres de l’équipe dans l’analyse et l’interprétation des données, si nécessaire
• Savoir anticiper et organiser son travail pour tenir les délais
• Rigueur
• Esprit d’initiative

Spécificité(s) et environnement du poste :

• L'équipe est composée de plusieurs chercheurs, post-doctorants, étudiants en doctorat et ingénieurs ayant une formation en biologie, ainsi que d'un autre bioinformaticien

Expérience souhaitée :

• 6 mois minimumdans un laboratoire de recherche
  Bon niveau d'expérience en bioinformatique transcriptomique

Rémunération :

• A partir de 2421,65 euros brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent