[IHAP]Ingénieur d'études - Métagénomique clinique

À propos de nous Créée en 1825, l'École Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), la plus ancienne des grandes écoles toulousaines, s'est forgée de longue date une renommée nationale et internationale. C'est l'une des quatre Ecoles nationales vétérinaires françaises (ENVF) et l'un de 12 établissements publics d'enseignement supérieur agronomique, vétérinaire et forestier, sous la tutelle du Ministère de l'Agriculture et de la Souveraineté Alimentaire. Ses activités de recherche, conduites en partenariat avec INRAE, l'INSERM, des équipes de l'Université de Toulouse, témoignent de la qualité de son travail scientifique. Ancrée dans les terroirs d'Occitanie (ruraux et urbains) par ses activités cliniques, l'ENVT a su également s'ouvrir à l'international. L'école est, en effet, impliquée dans 36 accords bilatéraux, offrant ainsi de nombreuses possibilités de mobilité à ses étudiants, enseignants et chercheurs. L'ENVT forme ainsi depuis des décennies des vétérinaires – biologistes de haut niveau, médecins et chirurgiens – tournés vers le monde animal (de compagnie, de sport ou de production). Autant de praticiens qui en contribuant au bien-être animal ou à la qualité des animaux d'élevage, participent à garantir la santé publique. Intégrer l'ENVT c'est aussi intégrer un campus exceptionnel de 54 hectares, situé à quelques kilomètres seulement du centre-ville de Toulouse. Bordé au nord par la coulée verte qui serpente le long du « Touch », il abrite un centre équestre et offre à ses étudiants de belles escapades à pied ou à cheval entre espaces boisés et rive de la Garonne. Une école où il fait bon vivre, travailler et étudier. Mission La demande de poste d'ingénieur(e) d'études s'inscrit dans le contexte du développement et de la structuration des projets de recherche en métagénomique virale : Cette activité couvre un large champ technique : prise en charge d'échantillons cliniques, analyses de biologie moléculaire, préparation des banques d'ADN et lancement des runs de séquençage, prise en charge/QC des données de séquençage. Dans ce contexte, les objectifs du poste consistent, au sein de l'équipe VIRAL de l'UMR IHAP, à prendre en charge des essais de diagnostic et de recherche en métagénomique virale. Mission 1 : virologie clinique (diagnostic et recherche) : biologie moléculaire

• Réceptionner, enregistrer et stocker les échantillons selon un protocole de qualité défini, Tenir un cahier d'expériences, rassembler les résultats, les mettre en forme et en rendre compte.
• Réaliser, à partir de protocoles définis, des expériences de préparation et d'analyse utilisant un ensemble de techniques, notamment en biologie moléculaire (PCR conventionnelle, PCR temps réel, PCR digitale).
• Actualiser le dossier de protocoles techniques.

Missions 2 : métagénomique clinique

• Participer à la mise au point et mettre en œuvre les méthodes spécifiques de préparation des acides nucléiques en vue du séquençage NGS (technologie Oxford Nanopore notamment)
• Préparer des banques de séquençage NGS, lancement des essais (« runs ») de séquençage.
• Prise en charge des données de séquençage NGS : sauvegarde, contrôle qualité.

Mission 3 : missions transversales d'appui à l'activité du laboratoire de virologie clinique

• Contribuer à la surveillance des équipements scientifiques, la maintenance de premier niveau et l'entretien du laboratoire
• Se former à la mise en œuvre des nouvelles techniques dans le service et initier/accompagner les utilisateurs
• Appliquer, en situation de travail, les bonnes pratiques de laboratoire, les règles d'hygiène et de sécurité et celles spécifiques à la manipulation de certains produits
• Participer à la gestion des stocks et des commandes

Profil Savoirs :

• Connaitre les techniques de biologie moléculaire de base
• Bonnes pratiques de laboratoire
• Savoir appréhender les risques chimiques et biologiques liés aux produits, matériels et techniques utilisées.
• Savoir utiliser les logiciels liés aux techniques expérimentales et à la présentation des résultats.
• Comprendre une documentation en anglais
• Connaissance des techniques de NGS et de métagénomique.
• Connaissances de base du langage Linux.

Savoir-faire :

• Organiser et conduire son activité avec rigueur, autonomie et fiabilité
• Savoir manipuler dans des conditions stériles et travailler en milieu confiné
• Savoir utiliser les équipements de base d'un laboratoire (thermocycleur, microscope, centrifugeuse, spectrophotomètre, balance, ...)
• Communiquer et collaborer avec les autres parties prenantes d'un projet.
• Savoir rendre compte, travailler en équipe
• Savoir transférer ses connaissances pour l'accompagnement à l'utilisation d'outils
• Savoir préparer des banques de séquençage NGS
• Savoir lancer un script de bioinformatique